ახალი იარაღი ტუბერკულოზის დიაგნოსტიკისა და წამლებისადმი რეზისტენტობის გამოვლენისთვის: ახალი თაობის მიზნობრივი თანმიმდევრობა (tNGS) ტუბერკულოზის ჰიპერმგრძნობელობის დიაგნოზისთვის მანქანურ სწავლებასთან ერთად
ლიტერატურის ანგარიში: CCa: დიაგნოსტიკური მოდელი, რომელიც დაფუძნებულია tNGS-ზე და მანქანურ სწავლაზე, რომელიც შესაფერისია ნაკლებად ბაქტერიული ტუბერკულოზით და ტუბერკულოზური მენინგიტის მქონე ადამიანებისთვის.
დისერტაციის სათაური: ტუბერკულოზზე გამიზნული შემდეგი თაობის თანმიმდევრობა და მანქანათმცოდნეობა: ულტრამგრძნობიარე დიაგნოსტიკური სტრატეგია ფილტვის ტუბულარული მილაკებისა და ტუბულარული მენინგიტისთვის.
პერიოდული: 《Clinica Chimica Acta》
IF: 6.5
გამოცემის თარიღი: 2024 წლის იანვარი
ჩინეთის მეცნიერებათა აკადემიის უნივერსიტეტთან და კაპიტალის სამედიცინო უნივერსიტეტის პეკინის გულმკერდის ჰოსპიტალთან ერთად, Macro & Micro-Test-მა დაადგინა ტუბერკულოზის დიაგნოსტიკის მოდელი, რომელიც დაფუძნებულია ახალი თაობის მიზნობრივი თანმიმდევრობის (tNGS) ტექნოლოგიასა და მანქანათმცოდნეობის მეთოდზე, რომელიც უზრუნველყოფს ულტრა მაღალ დონეს. ტუბერკულოზის გამოვლენის მგრძნობელობა რამდენიმე ბაქტერიით და ტუბერკულოზური მენინგიტით, უზრუნველყო ჰიპერმგრძნობელობის დიაგნოზის ახალი მეთოდი ტუბერკულოზის ორი ტიპის კლინიკური დიაგნოზისთვის და დაეხმარა ტუბერკულოზის ზუსტ დიაგნოზს, წამლისადმი რეზისტენტობის გამოვლენას და მკურნალობას.ამავდროულად, დადგინდა, რომ პაციენტის პლაზმური cfDNA შეიძლება გამოყენებულ იქნას, როგორც შესაფერისი ნიმუში კლინიკური შერჩევისთვის TBM დიაგნოსტიკაში.
ამ კვლევაში გამოყენებული იქნა 227 პლაზმის ნიმუში და ცერებროსპინალური სითხის ნიმუში ორი კლინიკური კოჰორტის დასადგენად, რომელშიც ლაბორატორიული დიაგნოსტიკური კოჰორტის ნიმუშები გამოიყენეს ტუბერკულოზის დიაგნოზის მანქანური სწავლის მოდელის დასადგენად, ხოლო კლინიკური დიაგნოსტიკური კოჰორტის ნიმუშები გამოყენებული იქნა დადგენილის დასადასტურებლად. დიაგნოსტიკური მოდელი.ყველა ნიმუში პირველად მიზანმიმართული იყო Mycobacterium tuberculosis-ისთვის სპეციალურად შექმნილი მიზნობრივი დაჭერის ზონდით.შემდეგ, TB-tNGS თანმიმდევრობის მონაცემებზე დაყრდნობით, გადაწყვეტილების ხის მოდელი გამოიყენება 5-ჯერადი ჯვარედინი ვალიდაციის შესასრულებლად ლაბორატორიული დიაგნოსტიკური რიგის სასწავლო და ვალიდაციის კომპლექტებზე და მიიღება პლაზმის ნიმუშების და ცერებროსპინალური სითხის ნიმუშების დიაგნოსტიკური ზღურბლები.მიღებული ზღურბლი შეყვანილია კლინიკური დიაგნოსტიკის რიგის ორ ტესტში გამოსავლენად და მოსწავლის დიაგნოსტიკური შესრულება ფასდება ROC მრუდით.საბოლოოდ მიღებული იქნა ტუბერკულოზის დიაგნოსტიკური მოდელი.
ნახ. 1 კვლევის დიზაინის სქემატური დიაგრამა
შედეგები: ამ კვლევაში განსაზღვრული CSF დნმ-ის ნიმუშის (AUC = 0.974) და პლაზმის cfDNA ნიმუშის (AUC = 0.908) სპეციფიკური ზღვრების მიხედვით, 227 ნიმუშს შორის, CSF ნიმუშის მგრძნობელობა იყო 97.01%, სპეციფიკა იყო 95.65% და პლაზმის ნიმუშის მგრძნობელობა და სპეციფიკა იყო 82.61% და 86.36%.პლაზმის cfDNA და ცერებროსპინალური სითხის დნმ-ის 44 დაწყვილებული ნიმუშის ანალიზში TBM პაციენტებიდან, ამ კვლევის დიაგნოსტიკურ სტრატეგიას აქვს მაღალი თანმიმდევრულობა 90.91% (40/44) პლაზმის cfDNA და ცერებროსპინალური სითხის დნმ-ში და მგრძნობელობა არის 95.45%. (42/44).ფილტვის ტუბერკულოზის მქონე ბავშვებში, ამ კვლევის დიაგნოსტიკური სტრატეგია უფრო მგრძნობიარეა პლაზმის ნიმუშების მიმართ, ვიდრე იმავე პაციენტების კუჭის წვენის ნიმუშების Xpert გამოვლენის შედეგები (28.57% VS 15.38%).
ნახ. 2 ტუბერკულოზის დიაგნოსტიკის მოდელის ანალიზის შესრულება პოპულაციის ნიმუშებისთვის
ნახ. 3 დაწყვილებული ნიმუშების დიაგნოსტიკური შედეგები
დასკვნა: ამ კვლევაში შეიქმნა ტუბერკულოზის ჰიპერმგრძნობიარე დიაგნოსტიკური მეთოდი, რომელსაც შეუძლია უზრუნველყოს დიაგნოსტიკური ინსტრუმენტი უმაღლესი გამოვლენის მგრძნობელობით ოლიგობაცილარული ტუბერკულოზის მქონე კლინიკურ პაციენტებში (უარყოფითი კულტურა).ჰიპერმგრძნობიარე ტუბერკულოზის გამოვლენა პლაზმის cfDNA-ზე დაფუძნებული შეიძლება იყოს ნიმუშის შესაფერისი ტიპი აქტიური ტუბერკულოზისა და ტუბერკულოზური მენინგიტის დიაგნოსტიკისთვის (პლაზმის ნიმუშების შეგროვება უფრო ადვილია, ვიდრე ცერებროსპინალური სითხე პაციენტებისთვის, რომლებიც ეჭვმიტანილია ტვინის ტუბერკულოზზე).
ორიგინალური ბმული: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?%3Dihub-ის საშუალებით
მაკრო და მიკრო ტესტის ტუბერკულოზის გამოვლენის პროდუქტების მოკლე გაცნობა
ტუბერკულოზით დაავადებულთა რთული ნიმუშის სიტუაციისა და სხვადასხვა საჭიროებების გათვალისწინებით, Macro & Micro-Test გთავაზობთ NGS ხსნარების სრულ კომპლექტს ნახველის ნიმუშებიდან გათხევადების ამოღების, Qualcomm ბიბლიოთეკის კონსტრუქციისა და თანმიმდევრობის და მონაცემთა ანალიზისთვის.პროდუქტები მოიცავს ტუბერკულოზით დაავადებულთა სწრაფ დიაგნოზს, ტუბერკულოზის მედიკამენტოზური რეზისტენტობის გამოვლენას, ტუბერკულოზის მიკობაქტერიის და ნტმ-ის ტიპირებას, ბაქტერიულ-უარყოფითი ტუბერკულოზის და ტუბერკულოზის ადამიანების ჰიპერმგრძნობელობის დიაგნოზს და ა.შ.
ტუბერკულოზისა და მიკობაქტერიების სერიული გამოვლენის ნაკრები:
| საქონელი № | პროდუქტის სახელი | პროდუქტის ტესტირების შინაარსი | ნიმუშის ტიპი | მოქმედი მოდელი |
| HWTS-3012 | ნიმუშის გამოშვების აგენტი | გამოყენებული ნახველის ნიმუშების გათხევადების სამკურნალოდ, მიიღო პირველი კლასის რეკორდული ნომერი, Sutong Machinery Equipment 20230047. | ნახველი | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm-ის რაოდენობის გამოვლენის ნაკრები ჰიპერმგრძნობიარე ტუბერკულოზისთვის (ზონდის დაჭერის მეთოდი) | არაინვაზიური (თხევადი ბიოფსია) ჰიპერმგრძნობელობის გამოვლენა ფილტვის ტუბერკულოზისა და ტვინის კვანძების ბაქტერიაზე;ტუბერკულოზით ან არატუბერკულოზური მიკობაქტერიებით ინფიცირებულთა ნიმუშები გაანალიზებული იყო მაღალი სიღრმისეული თანმიმდევრობის მეტაგენომიკით, და ინფიცირებული იყო თუ არა ტუბერკულოზის ან არატუბერკულოზის მიკობაქტერიების შესახებ ინფორმაცია და მიკობაქტერიის ტუბერკულოზის წამლისადმი რეზისტენტობის ძირითადი პირველი რიგის ინფორმაცია. უზრუნველყოფილი იყო. | პერიფერიული სისხლი, ალვეოლური ამორეცხვის სითხე, ჰიდროთორაქსი და ასციტი, ფოკუსური პუნქციის ნიმუში, ცერებროსპინალური სითხე. | მეორე თაობა |
| HWTS-NGS-T001 | მიკობაქტერიის ტიპების და წამლების წინააღმდეგობის გამოვლენის ნაკრები (მულტიპლექსური ამპლიფიკაციის თანმიმდევრობის მეთოდი) | Mycobacterium ტიპის ტესტი, მათ შორის MTBC და 187 NTM；Mycobacterium tuberculosis-ის წამლისმიერი რეზისტენტობის გამოვლენა მოიცავს 13 წამალს და წამლის რეზისტენტობის გენების 16 ძირითად მუტაციურ ადგილს. | ნახველი, ალვეოლური ამორეცხვის სითხე, ჰიდროთორაქსი და ასციტი, ფოკუსური პუნქციის ნიმუში, ცერებროსპინალური სითხე. | მეორე/მესამე თაობის ორმაგი პლატფორმა |
მნიშვნელოვანი პუნქტები: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium ტიპის და წამლის წინააღმდეგობის გამოვლენის ნაკრები (მულტიპლექსური გაძლიერების მეთოდი)
პროდუქტის გაცნობა
პროდუქტი ეფუძნება ჯანმო-ს ტუბერკულოზის მკურნალობის გაიდლაინებში აღწერილ პირველ და მეორე რიგის ძირითად წამლებს, მაკროლიდებსა და ამინოგლიკოზიდებს, რომლებიც ჩვეულებრივ გამოიყენება NTM მკურნალობის გაიდლაინებში, ხოლო წამლის რეზისტენტობის ადგილები მოიცავს წამლის რეზისტენტობასთან დაკავშირებულ უბნებს ყველა ერთ ჯგუფს. ჯანდაცვის მსოფლიო ორგანიზაციის Mycobacterium tuberculosis კომპლექსის მუტაციების კატალოგი, ისევე როგორც სხვა მოხსენებული წამლისმიერი რეზისტენტობის გენები და მუტაციების ადგილები, მაღალი ქულის მქონე ლიტერატურის გამოკვლევისა და სტატისტიკის მიხედვით, როგორც სახლში, ისე მის ფარგლებს გარეთ.
ტიპიური იდენტიფიკაცია ეფუძნება NTM შტამებს, რომლებიც შეჯამებულია NTM გაიდლაინებში, რომელიც გამოქვეყნებულია ჩინური ჟურნალის ტუბერკულოზისა და რესპირატორული დაავადებების მიერ და ექსპერტების კონსენსუსზე.შემუშავებულ აკრეფის პრაიმერებს შეუძლიათ 190-ზე მეტი NTM სახეობის გაძლიერება, თანმიმდევრობა და ანოტაცია.
მიზნობრივი მულტიპლექს PCR ამპლიფიკაციის ტექნოლოგიის მეშვეობით Mycobacterium-ის გენოტიპირების გენები და წამლის მიმართ რეზისტენტული გენები გაძლიერდა მულტიპლექს PCR-ით და მიიღეს გამოსავლენად სამიზნე გენების ამპლიკონის კომბინაცია.გაძლიერებული პროდუქტები შეიძლება კონსტრუირებული იყოს მეორე თაობის ან მესამე თაობის მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობის ბიბლიოთეკებში, ხოლო მეორე და მესამე თაობის ყველა პლატფორმა შეიძლება დაექვემდებაროს მაღალი სიღრმის თანმიმდევრობას სამიზნე გენების თანმიმდევრობის ინფორმაციის მისაღებად.ჩაშენებული საცნობარო მონაცემთა ბაზაში შემავალ ცნობილ მუტაციებთან შედარებით (მათ შორის WHO Mycobacterium tuberculosis კომპლექსის მუტაციების კატალოგი და მისი ურთიერთობა წამლისადმი რეზისტენტობასთან), განისაზღვრა მუტაციები, რომლებიც დაკავშირებულია წამლისადმი რეზისტენტობასთან ან ტუბერკულოზის საწინააღმდეგო პრეპარატების მგრძნობელობასთან.მაკრო და მიკრო ტესტის თვითგახსნილი ნახველის ნიმუშის სამკურნალო ხსნართან ერთად მოგვარდა კლინიკური ნახველის ნიმუშების ნუკლეინის მჟავას გაძლიერების ეფექტურობის პრობლემა (ათჯერ მეტი ვიდრე ტრადიციულ მეთოდებთან შედარებით), რათა შესაძლებელი იყოს წამლისადმი რეზისტენტობის თანმიმდევრობის გამოვლენა. უშუალოდ გამოიყენება ნახველის კლინიკურ ნიმუშებზე.
პროდუქტის გამოვლენის დიაპაზონი
34ნარკოტიკების რეზისტენტობასთან დაკავშირებული გენები18ტუბერკულოზის საწინააღმდეგო პრეპარატები და6აღმოაჩინა ნტმ ნარკოტიკები, საფარი297წამლისადმი რეზისტენტობის ადგილები;ათი სახის Mycobacterium tuberculosis და მეტი190გამოვლინდა NTM-ის სახეები.
ცხრილი 1: ინფორმაცია 18+6 ნარკოტიკების +190+NTM
პროდუქტის უპირატესობა
ძლიერი კლინიკური ადაპტაცია: ნახველის ნიმუშები შეიძლება გამოვლინდეს უშუალოდ თვითგათხევადების აგენტით კულტურის გარეშე.
ექსპერიმენტული ოპერაცია მარტივია: გამაძლიერებელი ოპერაციის პირველი რაუნდი მარტივია, ბიბლიოთეკის მშენებლობა კი სრულდება 3 საათში, რაც აუმჯობესებს მუშაობის ეფექტურობას.
ყოვლისმომცველი ტიპირება და წამლის რეზისტენტობა: მოიცავს MTB-ისა და NTM-ის აკრეფისა და წამლისადმი რეზისტენტობის უბნებს, რომლებიც წარმოადგენს კლინიკურ შეშფოთების ძირითად პუნქტებს, ზუსტი აკრეფის და წამლის წინააღმდეგობის გამოვლენას, დამოუკიდებელი ანალიზის პროგრამული უზრუნველყოფის მხარდაჭერას და ანალიზის ანგარიშების გენერირებას ერთი დაწკაპუნებით.
თავსებადობა: პროდუქტის თავსებადობა, ადაპტირება ძირითადი ILM და MGI/ONT პლატფორმებისთვის.
პროდუქტის სპეციფიკაცია
| Პროდუქტის კოდი | პროდუქტის სახელი | გამოვლენის პლატფორმა | სპეციფიკაციები |
| HWTS-NGS-T001 | მიკობაქტერიის ტიპების და წამლების წინააღმდეგობის გამოვლენის ნაკრები (მულტიპლექსის ამპლიფიკაციის მეთოდი) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
გამოქვეყნების დრო: იან-23-2024