ტუბერკულოზის დიაგნოსტიკისა და წამლის მიმართ რეზისტენტობის გამოვლენის ახალი იარაღი: ტუბერკულოზის ჰიპერმგრძნობელობის დიაგნოსტიკისთვის ახალი თაობის მიზნობრივი სეკვენირება (tNGS) მანქანურ სწავლებასთან ერთად
ლიტერატურული ანგარიში: CCa: tNGS-სა და მანქანურ სწავლებაზე დაფუძნებული დიაგნოსტიკური მოდელი, რომელიც შესაფერისია ნაკლებად ბაქტერიული ტუბერკულოზისა და ტუბერკულოზური მენინგიტის მქონე ადამიანებისთვის.
დისერტაციის სათაური: ტუბერკულოზზე ორიენტირებული ახალი თაობის სეკვენირება და მანქანური სწავლება: ულტრამგრძნობიარე დიაგნოსტიკური სტრატეგია ფილტვის პაუციფიკური მილაკებისა და მილაკოვანი მენინგიტის დროს.
პერიოდული: 《Clinica Chimica Acta》
თუ: 6.5
გამოქვეყნების თარიღი: 2024 წლის იანვარი
ჩინეთის მეცნიერებათა აკადემიის უნივერსიტეტთან და დედაქალაქის სამედიცინო უნივერსიტეტის პეკინის გულმკერდის საავადმყოფოსთან ერთად, Macro & Micro-Test-მა შექმნა ტუბერკულოზის დიაგნოსტიკის მოდელი, რომელიც დაფუძნებულია მიზნობრივი სეკვენირების (tNGS) ტექნოლოგიისა და მანქანური სწავლების მეთოდის ახალ თაობაზე, რამაც უზრუნველყო ტუბერკულოზის ულტრამაღალი გამოვლენის მგრძნობელობა მცირე რაოდენობით ბაქტერიით და ტუბერკულოზური მენინგიტისთვის, უზრუნველყო ტუბერკულოზის ორი ტიპის კლინიკური დიაგნოზისთვის ჰიპერმგრძნობელობის დიაგნოსტიკის ახალი მეთოდი და ხელი შეუწყო ტუბერკულოზის ზუსტ დიაგნოზს, წამლის მიმართ რეზისტენტობის გამოვლენას და მკურნალობას. ამავდროულად, დადგინდა, რომ პაციენტის პლაზმის cfDNA შეიძლება გამოყენებულ იქნას, როგორც შესაფერისი ნიმუში კლინიკური ნიმუშების აღებისთვის TBM-ის დიაგნოზის დასმისას.
ამ კვლევაში, ორი კლინიკური კოჰორტის შესაქმნელად გამოყენებული იქნა 227 პლაზმის ნიმუში და ცერებროსპინალური სითხის ნიმუში, რომლებშიც ლაბორატორიული დიაგნოსტიკური კოჰორტის ნიმუშები გამოყენებული იქნა ტუბერკულოზის დიაგნოზის მანქანური სწავლების მოდელის დასადგენად, ხოლო კლინიკური დიაგნოსტიკური კოჰორტის ნიმუშები - დადგენილი დიაგნოსტიკური მოდელის დასადასტურებლად. ყველა ნიმუში თავდაპირველად მიზანმიმართულად იქნა შერჩეული Mycobacterium tuberculosis-ისთვის სპეციალურად შექმნილი სამიზნე ჩამწერი ზონდის პულით. შემდეგ, TB-tNGS სეკვენირების მონაცემების საფუძველზე, გადაწყვეტილების ხის მოდელი გამოიყენება ლაბორატორიული დიაგნოსტიკური რიგის სასწავლო და ვალიდაციის ნაკრებებზე 5-ჯერადი ჯვარედინი ვალიდაციის შესასრულებლად და მიიღება პლაზმის ნიმუშებისა და ცერებროსპინალური სითხის ნიმუშების დიაგნოსტიკური ზღურბლები. მიღებული ზღურბლი გაერთიანებულია კლინიკური დიაგნოსტიკის რიგის ორ სატესტო ნაკრებში გამოვლენისთვის და მოსწავლის დიაგნოსტიკური შესრულება ფასდება ROC მრუდით. და ბოლოს, მიღებული იქნა ტუბერკულოზის დიაგნოზის მოდელი.
სურ. 1 კვლევის დიზაინის სქემატური დიაგრამა
შედეგები: ამ კვლევაში განსაზღვრული ცერებროსპინალური სითხის დნმ-ის ნიმუშის (AUC = 0.974) და პლაზმის cfDNA ნიმუშის (AUC = 0.908) სპეციფიკური ზღურბლების მიხედვით, 227 ნიმუშს შორის, ცერებროსპინალური სითხის ნიმუშის მგრძნობელობა იყო 97.01%, სპეციფიკურობა - 95.65%, ხოლო პლაზმის ნიმუშის მგრძნობელობა და სპეციფიკურობა - 82.61% და 86.36%. TBM-ით დაავადებული პაციენტების პლაზმის cfDNA-სა და ცერებროსპინალური სითხის დნმ-ის 44 შეწყვილებული ნიმუშის ანალიზისას, ამ კვლევის დიაგნოსტიკურ სტრატეგიას აქვს მაღალი თანმიმდევრულობა - 90.91% (40/44) პლაზმის cfDNA-სა და ცერებროსპინალური სითხის დნმ-ში, ხოლო მგრძნობელობა - 95.45% (42/44). ფილტვის ტუბერკულოზით დაავადებულ ბავშვებში, ამ კვლევის დიაგნოსტიკური სტრატეგია უფრო მგრძნობიარეა პლაზმის ნიმუშების მიმართ, ვიდრე იმავე პაციენტების კუჭის წვენის ნიმუშების Xpert დეტექციის შედეგები (28.57% 15.38%-ის წინააღმდეგ).
სურ. 2. ტუბერკულოზის დიაგნოსტიკის მოდელის ანალიზის ეფექტურობა პოპულაციის ნიმუშებისთვის
სურ. 3. დაწყვილებული ნიმუშების დიაგნოსტიკური შედეგები
დასკვნა: ამ კვლევაში შეიქმნა ტუბერკულოზის ჰიპერმგრძნობიარე დიაგნოსტიკური მეთოდი, რომელიც უზრუნველყოფს დიაგნოსტიკურ ინსტრუმენტს ოლიგობაცილარული ტუბერკულოზის მქონე კლინიკური პაციენტებისთვის (უარყოფითი კულტურა). ჰიპერმგრძნობიარე ტუბერკულოზის გამოვლენა პლაზმის cfDNA-ზე დაყრდნობით შეიძლება იყოს შესაფერისი ნიმუში აქტიური ტუბერკულოზის და ტუბერკულოზური მენინგიტის დიაგნოზისთვის (ტვინის ტუბერკულოზზე საეჭვო პაციენტებისთვის პლაზმის ნიმუშების შეგროვება უფრო ადვილია, ვიდრე ცერებროსპინალური სითხის).
ორიგინალი ბმული: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? via%3Dihub
მაკრო და მიკრო-ტესტის ტუბერკულოზის გამოვლენის სერიის პროდუქტების მოკლე შესავალი
ტუბერკულოზით დაავადებული პაციენტების რთული ნიმუშის მდგომარეობისა და სხვადასხვა საჭიროებების გათვალისწინებით, Macro & Micro-Test გთავაზობთ NGS გადაწყვეტილებების სრულ კომპლექტს ნახველის ნიმუშებიდან ლიკვიდაციის ექსტრაქციისთვის, Qualcomm-ის ბიბლიოთეკის შექმნისა და სეკვენირებისთვის, ასევე მონაცემთა ანალიზისთვის. პროდუქტები მოიცავს ტუბერკულოზით დაავადებული პაციენტების სწრაფ დიაგნოსტიკას, ტუბერკულოზის წამლისმიერი რეზისტენტობის გამოვლენას, ტუბერკულოზის მიკობაქტერიისა და NTM-ის ტიპირებას, ბაქტერია-უარყოფითი ტუბერკულოზისა და ტუბერკულოზით დაავადებული ადამიანების ჰიპერმგრძნობელობის დიაგნოსტიკას და ა.შ.
ტუბერკულოზისა და მიკობაქტერიების სერიული გამოვლენის კომპლექტები:
| ნივთის ნომერი | პროდუქტის დასახელება | პროდუქტის ტესტირების შინაარსი | ნიმუშის ტიპი | შესაბამისი მოდელი |
| HWTS-3012 | ნიმუშის გამოთავისუფლების აგენტი | გამოიყენება ნახველის ნიმუშების გათხევადების დამუშავებისთვის, მიღებული აქვს პირველი კლასის სარეგისტრაციო ნომერი, Sutong Machinery Equipment 20230047. | ნახველი | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm-ის რაოდენობის აღმოჩენის ნაკრები ჰიპერმგრძნობიარე ტუბერკულოზისთვის (ზონდის დაჭერის მეთოდი) | ბაქტერიაზე უარყოფითი ფილტვის ტუბერკულოზისა და ტვინის კვანძების არაინვაზიური (თხევადი ბიოფსია) ჰიპერმგრძნობელობის გამოვლენა; ტუბერკულოზით ან არატუბერკულოზური მიკობაქტერიებით ინფიცირების საეჭვო შემთხვევების მქონე ადამიანების ნიმუშები გაანალიზდა მაღალსიღრმისეული სეკვენირების მეტაგენომიკის გამოყენებით და მოწოდებული იქნა ინფორმაცია იმის შესახებ, ინფიცირებული იყო თუ არა ტუბერკულოზური თუ არატუბერკულოზური მიკობაქტერია და მიკობაქტერიული ტუბერკულოზის წამლისმიერი რეზისტენტობის შესახებ ძირითადი ინფორმაცია. | პერიფერიული სისხლი, ალვეოლური ლავაჟის სითხე, ჰიდროთორაქსი და ასციტი, ფოკუსური პუნქციის ნიმუში, ცერებროსპინალური სითხე. | მეორე თაობა |
| HWTS-NGS-T001 | მიკობაქტერიის ტიპირებისა და წამლისმიერი რეზისტენტობის გამოვლენის ნაკრები (მულტიპლექსური ამპლიფიკაციის სეკვენირების მეთოდი) | მიკობაქტერიის ტიპირების ტესტი, მათ შორის MTBC და 187 NTM；Mycobacterium tuberculosis-ის წამლისმიერი რეზისტენტობის გამოვლენა მოიცავს 13 წამალს და წამლისმიერი რეზისტენტობის გენების 16 ძირითად მუტაციის ადგილს. | ნახველი, ალვეოლური ლავაჟის სითხე, ჰიდროთორაქსი და ასციტი, ფოკუსური პუნქციის ნიმუში, ცერებროსპინალური სითხე. | მეორე/მესამე თაობის ორმაგი პლატფორმა |
ძირითადი მახასიათებლები: HWTS-NGS-T001 მიკობაქტერიის ტიპირებისა და წამლისმიერი რეზისტენტობის გამოვლენის ნაკრები (მულტიპლექსური ამპლიფიკაციის მეთოდი)
პროდუქტის გაცნობა
პროდუქტი დაფუძნებულია ჯანმო-ს ტუბერკულოზის მკურნალობის სახელმძღვანელო პრინციპებში აღწერილ ძირითად პირველი და მეორე რიგის პრეპარატებზე, მაკროლიდებსა და ამინოგლიკოზიდებზე, რომლებიც ხშირად გამოიყენება NTM მკურნალობის სახელმძღვანელო პრინციპებში, ხოლო წამლისმიერი რეზისტენტობის ცენტრები მოიცავს ჯანმო-ს Mycobacterium tuberculosis-ის კომპლექსური მუტაციების კატალოგში წამლისმიერი რეზისტენტობის ყველა ერთ ჯგუფს, ასევე სხვა მოხსენებულ წამლისმიერი რეზისტენტობის გენებსა და მუტაციის ცენტრებს, რომლებიც მოცემულია როგორც ქვეყნის შიგნით, ასევე მის ფარგლებს გარეთ მაღალი ქულების მქონე ლიტერატურის კვლევისა და სტატისტიკის მიხედვით.
ტიპირების იდენტიფიკაცია ეფუძნება NTM შტამებს, რომლებიც შეჯამებულია NTM-ის სახელმძღვანელო პრინციპებში, რომლებიც გამოქვეყნებულია ჩინური ტუბერკულოზისა და რესპირატორული დაავადებების ჟურნალის მიერ და ექსპერტების კონსენსუსით. შემუშავებული ტიპირების პრაიმერებით შესაძლებელია 190-ზე მეტი NTM სახეობის ამპლიფიკაცია, თანმიმდევრობის დადგენა და ანოტირება.
მიზნობრივი მულტიპლექსური PCR ამპლიფიკაციის ტექნოლოგიის მეშვეობით, Mycobacterium-ის გენოტიპირების გენები და წამლის მიმართ რეზისტენტული გენები ამპლიფიცირებული იქნა მულტიპლექსური PCR-ით და მიღებულ იქნა აღმოსაჩენი სამიზნე გენების ამპლიკონური კომბინაცია. ამპლიფიცირებული პროდუქტების კონსტრუირება შესაძლებელია მეორე ან მესამე თაობის მაღალი გამტარუნარიანობის სეკვენირების ბიბლიოთეკებში და ყველა მეორე და მესამე თაობის სეკვენირების პლატფორმა შეიძლება დაექვემდებაროს მაღალსიღრმისეულ სეკვენირებას სამიზნე გენების თანმიმდევრობის ინფორმაციის მისაღებად. ჩაშენებულ საცნობარო მონაცემთა ბაზაში არსებულ ცნობილ მუტაციებთან შედარებით (მათ შორის ჯანმო-ს Mycobacterium tuberculosis კომპლექსის მუტაციების კატალოგი და მისი კავშირი წამლის მიმართ რეზისტენტობასთან), განისაზღვრა ტუბერკულოზის საწინააღმდეგო პრეპარატების მიმართ რეზისტენტობასთან ან მგრძნობელობასთან დაკავშირებული მუტაციები. Macro & Micro-Test-ის თვითგახსნილი ნახველის ნიმუშის დამუშავების ხსნართან ერთად, გადაიჭრა კლინიკური ნახველის ნიმუშების ნუკლეინის მჟავის დაბალი ამპლიფიკაციის ეფექტურობის პრობლემა (ათჯერ მაღალი, ვიდრე ტრადიციული მეთოდებით), ისე, რომ წამლის მიმართ რეზისტენტობის სეკვენირების გამოვლენა პირდაპირ შეიძლება გამოყენებულ იქნას კლინიკურ ნახველის ნიმუშებზე.
პროდუქტის აღმოჩენის დიაპაზონი
34წამლის რეზისტენტობასთან დაკავშირებული გენები18ტუბერკულოზის საწინააღმდეგო პრეპარატები და6NTM ნარკოტიკები აღმოაჩინეს, რომლებიც ფარავდა297წამლისადმი რეზისტენტობის ადგილები; Mycobacterium tuberculosis-ის ათი სახეობა და მეტი190აღმოჩენილია NTM-ის სხვადასხვა სახეობა.
ცხრილი 1: 18+6 პრეპარატის +190+NTM ინფორმაცია
პროდუქტის უპირატესობა
ძლიერი კლინიკური ადაპტირება: ნახველის ნიმუშების პირდაპირ აღმოჩენა შესაძლებელია თვითგათხევადობის აგენტით კულტურის გარეშე.
ექსპერიმენტული ოპერაცია მარტივია: გამაძლიერებელი ოპერაციის პირველი რაუნდი მარტივია და ბიბლიოთეკის მშენებლობა სრულდება 3 საათში, რაც აუმჯობესებს მუშაობის ეფექტურობას.
ყოვლისმომცველი ტიპირება და წამლისმიერი რეზისტენტობა: MTB-სა და NTM-ის ტიპირებისა და წამლისმიერი რეზისტენტობის უბნების გაშუქება, რაც კლინიკური შეშფოთების ძირითად საკითხებს წარმოადგენს, ზუსტი ტიპირებისა და წამლისმიერი რეზისტენტობის გამოვლენა, დამოუკიდებელი ანალიზის პროგრამული უზრუნველყოფის მხარდაჭერა და ანალიზის ანგარიშების ერთი დაწკაპუნებით გენერირება.
თავსებადობა: პროდუქტის თავსებადობა, ILM და MGI/ONT მეინსტრიმ პლატფორმებთან ადაპტაცია.
პროდუქტის სპეციფიკაცია
| პროდუქტის კოდი | პროდუქტის დასახელება | აღმოჩენის პლატფორმა | სპეციფიკაციები |
| HWTS-NGS-T001 | მიკობაქტერიის ტიპირებისა და წამლისმიერი რეზისტენტობის გამოვლენის ნაკრები (მულტიპლექსური ამპლიფიკაციის მეთოდი) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
გამოქვეყნების დრო: 23 იანვარი-2024